טיפול בשחפת זהו תחום שבו לפרופסור ויילר הייתה תרומה מכרעת בתולדות הרפואה בארץ. בסוף שנות השמונים, תוך ניהול מכון הריאות של שרותי בריאות כללית בחיפה, המלמ“ר, זיהה בעקבות עליה חדה במספר חולי השחפת בקרב גלי העליה הגדולים והברוכים שפקדו אז את המדינה, שאין מענה נאה של מערכת הבריאות לטיפול במחלה מדבקת זו.
הוא יזם וניצח בעזרת עמיתו במשרד הבריאות ד“ר דניאל שם טוב, על ה“תכנית הלאומית החדשה למיגור השחפת“. תכנית זו הצליחה בצורה שעוררה הדים בין לאומיים והביאה להשתלטות מהירה ומוצלחת על מה שאיים להפוך למגיפה של ממש. עיקר התכנית הנה ריכוז האבחון טיפול בשחפת בתשעה מרכזים ארציים הפזורים בכל הארץ והנחלת הגישה של טיפול בהסתכלות ישירה בשחפת. DIRECTLY OBSERVED THERAPY. היות וגלומה בטיפול במחלה היא התפתחות של שחפת עמידה לטיפול רגיל בעקבות אי עמידה של החולים הנדרשים לקחת תרופות אנטיביוטיות רבות במשך חודשים רבים, נדרשה גישה חדשה שטרם בוצעה בארץ בניית מערך לספק טיפול מסודר ועקבי.
בעזרת גישה זו שחפת חדלה להוות בעיה הן לחולים במחלה, הן למערכת הבריאות ובעיקר לאוכלוסיית המדינה שעמדה בפני סכנה של התפשטות המחלה בצורה בלתי מרוסנת.
בעקבות עיסוקו רבת השנים ועתירת הנסיון בתחום זה פרופסור ויילר נחשב עד היום לאוטוריטה בתחום זה.
